псевдоним, присоединенный к sqlalchemy, не имеет столбцов из обеих таблиц

Когда вы делаете подзапрос из оператора select, столбцы, к которым можно получить доступ из него, должны быть в предложении columns. Возьмем, к примеру, такое утверждение:

select x, y from mytable where z=5

Если бы мы хотели сделать подзапрос, то GROUP BY 'z', это было бы недопустимым SQL:

select * from (select x, y from mytable where z=5) as mysubquery group by mysubquery.z

Потому что «z» не находится в предложении столбцов «mysubquery» (это также незаконно, поскольку «x» и «y» также должны быть в GROUP BY, но это другой вопрос).

SQLAlchemy работает точно так же. Когда вы говорите query(..).subquery() или используете функцию alias() в основной выбираемой конструкции, это означает, что вы заключаете свой оператор SELECT в круглые скобки, давая ему (обычно сгенерированное) имя и давая ему новый .с. коллекция, в которой есть только те столбцы, которые находятся в предложении «columns», как в реальном SQL.

Итак, здесь вам нужно убедиться, что TableB, по крайней мере, столбец, с которым вы имеете дело извне, доступен. Вы также можете ограничить предложение columns только теми столбцами, которые вам нужны:

sq = session.query(TableA.attrA, TableB.attrB).join(TableB).\
        group_by(TableB.attrB).subquery()

countA = func.count(sq.c.attrA)
groupB = func.first(sq.c.attrB)   

print session.query(countA, groupB).all()    

Обратите внимание, что приведенный выше запрос, вероятно, работает только в MySQL, так как в общем SQL недопустимо ссылаться на любые столбцы, которые не являются частью агрегатной функции или частью GROUP BY, когда используется группировка. У MySQL в этом отношении более расслабленная (и неаккуратная) система.

edit: если вы хотите получить результаты без нулей:

import collections

letter_count = collections.defaultdict(int)
for count, letter in session.query(func.count(MyClass.id), MyClass.attr).group_by(MyClass.attr):
    letter_count[letter] = count

for letter in ["A", "B", "C", "D", "E", ...]:
    print "Letter %s has %d elements" % letter_count[letter]

обратите внимание, что letter_count[someletter] по умолчанию равен нулю, если в противном случае не заполнено.