Как остановить выполнение через определенное время в Java?

вам следует попробовать новые службы Java Executor Services. http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/java/util/concurrent/ExecutorService.html

При этом вам не нужно самостоятельно программировать цикл измерения времени.

public class Starter {

    public static void main(final String[] args) {
        final ExecutorService service = Executors.newSingleThreadExecutor();

        try {
            final Future<Object> f = service.submit(() -> {
                // Do you long running calculation here
                Thread.sleep(1337); // Simulate some delay
                return "42";
            });

            System.out.println(f.get(1, TimeUnit.SECONDS));
        } catch (final TimeoutException e) {
            System.err.println("Calculation took to long");
        } catch (final Exception e) {
            throw new RuntimeException(e);
        } finally {
            service.shutdown();
        }
    }
}

Если вы не можете превысить свой временной лимит (это жесткий лимит), то ветка - ваш лучший выбор. Вы можете использовать цикл для завершения потока после достижения порогового значения времени. Все, что происходит в этом потоке в данный момент, может быть прервано, что позволяет почти мгновенно останавливать вычисления. Вот пример:

Thread t = new Thread(myRunnable); // myRunnable does your calculations

long startTime = System.currentTimeMillis();
long endTime = startTime + 60000L;

t.start(); // Kick off calculations

while (System.currentTimeMillis() < endTime) {
    // Still within time theshold, wait a little longer
    try {
         Thread.sleep(500L);  // Sleep 1/2 second
    } catch (InterruptedException e) {
         // Someone woke us up during sleep, that's OK
    }
}

t.interrupt();  // Tell the thread to stop
t.join();       // Wait for the thread to cleanup and finish

Это даст вам разрешение около 1/2 секунды. Вы можете решить эту проблему, если чаще будете опрашивать в цикле while.

Запуск вашего runnable будет выглядеть примерно так:

public void run() {
    while (true) {
        try {
            // Long running work
            calculateMassOfUniverse();
        } catch (InterruptedException e) {
            // We were signaled, clean things up
            cleanupStuff();
            break;           // Leave the loop, thread will exit
    }
}

Обновление на основе ответа Дмитрия

Дмитрий указал на TimerTask, который позволяют избежать петли. Вы можете просто выполнить вызов соединения, и TimerTask, который вы настроили, позаботится о прерывании потока. Это позволит вам получить более точное разрешение без циклического опроса.

Зависит от того, что делает цикл while. Если есть вероятность, что он будет блокироваться на долгое время, используйте TimerTask, чтобы запланировать задачу, чтобы установить stopExecution флаг, а также .interrupt() ваш поток.

Имея в цикле только временное условие, он может вечно ждать ввода или блокировки (опять же, это может не быть проблемой для вас).