Загрузка OWL ObjectProperty как аннотации в Protégé

Я пытаюсь загрузить онтологию в Protégé. но он не обрабатывается должным образом. Наиболее проблематичным является то, что все свойства объекта и данных отображаются как аннотация, а не свойство данных и свойство объекта.

У меня есть свойство объекта королевство:

<owl:ObjectProperty rdf:about="&wo;kingdom">
    <rdfs:label xml:lang="en">kingdom</rdfs:label>
    <rdfs:comment xml:lang="en">associates a taxon rank with a kingdom</rdfs:comment>
    <vs:term_status>testing</vs:term_status>
    <rdfs:range rdf:resource="&wo;Kingdom"/>
    <rdfs:domain rdf:resource="&wo;TaxonRank"/>
</owl:ObjectProperty>

/nature/life/Chordate#kingdom имеет значение /nature/life/Animal#kingdom для своего царства:

<wo:Phylum rdf:about="/nature/life/Chordate#kingdom">
    <rdfs:label>Vertebrates</rdfs:label>
    <wo:kingdom rdf:resource="/nature/life/Animal#kingdom"/>
</wo:Phylum>

Однако в Protégé свойство отображается как аннотация. Я не понимаю, почему он не отображается как свойство объекта для королевства.

введите здесь описание изображения

Почему это?


ontology owl rdf protege
person Noor    schedule 13.04.2013    source источник
comment
Я могу найти первый фрагмент кода в онтологии (сериализованный как RDF/XML), но не могу найти второй. Не могли бы вы сказать мне, какой это номер строки? Первое свойство объекта, которое вы упомянули (kingdom), правильно отображается в Protege 4.2.   -  person loopasam    schedule 14.04.2013
comment
Это ссылка на файл rdf, который я использую, dl.dropboxusercontent.com/u /108022472/index.rdf, В прикрепленном файле я загрузил ровно столько, чтобы увидеть проблему. Я загрузил все необходимые данные, чтобы представить этого человека bbc.co.uk/nature/life /Нефрурус, т.е. царство,животное,рептилия. Если вы видите человека с именем Geckos с Type Family и IRI bbc.co. uk/nature/life/Gecko#family, он имеет все свойства данных и объектов в качестве аннотации, что на самом деле является проблемой, с которой я сталкиваюсь.   -  person Noor    schedule 14.04.2013
comment
Я нашел в файле следующее лицо: <owl:NamedIndividual rdf:about="http://dbpedia.org/resource/Gecko"><owl:sameAs rdf:resource="http://www.bbc.co.uk/nature/life/Gecko#family"/></owl:NamedIndividual>, однако к нему не прикреплены аннотации. Я все еще не могу найти второй фрагмент кода.   -  person loopasam    schedule 14.04.2013
comment
Хорошо, когда я просматриваю отдельного геккона в Protege, я вижу его так: dl.dropboxusercontent.com/u/108022472/gecko.png   -  person Noor    schedule 14.04.2013
comment
@loopasam, как вы говорите, я не вижу никаких аннотаций в файле, свойства объекта все еще рассматриваются как аннотации   -  person Noor    schedule 14.04.2013
comment
Я скачал protege 4.2 и попробовал, но та же проблема :(   -  person Noor    schedule 14.04.2013

Ответы (3)


arrow_upward
1
arrow_downward

Похоже, это ошибка в Protege. Как это исправить:

  • Откройте файл index.rdf с помощью Protege, импорт некоторых файлов занимает некоторое время.
  • Сохраните онтологию в формате RDF/XML, выберите папку, когда вы хотите ее поместить, и назовите ее ontology.owl. Расширение важно, сохраните его как файл OWL.
  • Закройте Protege и снова откройте его, откройте файл ontology.owl, теперь вы должны увидеть правильное отображение свойства.

Почему это происходит? Я считаю, что Protege запутался в .rdf и неправильно интерпретировал данные.

person loopasam    schedule 14.04.2013
comment
для животного типа TaxonName все, кроме wo:kingdomName, отображаются как аннотации. - person Noor; 14.04.2013
comment
Онтология неоднозначно использует те же свойства, что и scientificName, они объявлены в одно и то же время как свойства аннотаций и свойства данных. Из-за этого протеже запутался, какой из них показывать. Вы должны преобразовать/удалить свойства аннотации, чтобы избавиться от двусмысленности, это можно сделать, удалив такие блоки, как <owl:AnnotationProperty rdf:about="http://purl.org/ontology/wo/scientificName">...</owl:AnnotationProperty>, из файла OWL. - person loopasam; 15.04.2013
comment
Это действительно работает для вас, когда вы удаляете AnnotationProperty? потому что для меня, когда я удаляю, теперь не появляется аннотация, потому что, конечно, я удалил ее и даже свойства данных - person Noor; 15.04.2013
comment
Я пробовал с scientificName, и это сработало, вам нужно удалить только свойства аннотаций и убедиться, что вы удалили все прикрепленные к ним XML-блоки. - person loopasam; 15.04.2013
comment
К сожалению, я удалил все, на самом деле я создал небольшой скрипт на Python, который это делает, но все еще не решает проблему свойства данных. Это мой ontology.owl. Кроме того, этот текстовый файл содержит все импортируемые данные, которые я использую, включая скрипт python, который удаляет свойства аннотации - person Noor; 15.04.2013
comment
чтобы запустить скрипт Python для удаления аннотации, просто выполните python removeUnusedTags.py ‹filename› - person Noor; 15.04.2013
comment
Эта онтология действительно запутана, я советую вам посмотреть на другую, если это возможно. Аннотации были хорошо удалены, но я предполагаю, что вы сейчас смотрите не на того человека, поэтому вы думаете, что свойства данных исчезают. Действительно есть 2 человека с rdfs:label animalia (посмотрите строку 2700 файла). Если убрать первый, то потом можно будет увидеть хороший в Protege, со свойствами данных там как положено. - person loopasam; 15.04.2013
comment
Я хотел выбрать другой, но этот содержит много фоновых знаний, если вы знаете кого-то так же хорошо или лучше, чем этот, пожалуйста, дайте мне знать - person Noor; 15.04.2013
comment
Я не уверен, чего вы пытаетесь достичь, поэтому трудно указать указатели. В любом случае удачи - person loopasam; 16.04.2013

arrow_upward
0
arrow_downward

Если вы обнаружите, что свойства вашего объекта отображаются в виде аннотаций, решение состоит в том, чтобы экспортировать его как онтологию. Это превратит ваши аннотации в классы.

person user4559700    schedule 12.02.2015

arrow_upward
0
arrow_downward

Когда я сохраняю свою онтологию в формате RDF/XML, свойство объекта экземпляра становится аннотацией. Однако, если онтология сохранена как Turtle Syntax, свойства объекта будут отображаться нормально при повторном открытии с помощью протеже.

person simon    schedule 15.03.2017