Проблемы с производительностью SQL Server при использовании EXCEPT в запросе

Вы можете сделать это с помощью GROUP BY

SELECT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 
FROM MYTABLE
GROUP BY FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 
HAVING MAX(CASE WHEN (XXX) OR (YYY) THEN 1 ELSE 0 END) = 0

Я бы использовал NOT EXISTS вместо CTE :

WITH CTE AS (
     <your union query>
)
SELECT mt.*
FROM MYTABLE mt
WHERE NOT EXISTS (SELECT 1 FROM CTE c WHERE c.FIELD_1 = mt.FIELD_1 AND . . . );   

Во-первых, я бы не использовал поле для исключения, лучше использовать идентификатор, потому что его можно индексировать.

Карьер ниже будет иметь гораздо более высокую производительность.

Вот как бы я это сделал.

SELECT DISTINCT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 FROM MYTABLE
where Id not in (
SELECT Id FROM MYTABLE WHERE XXX and YYY
)

Иногда полезно упростить задачу оптимизатора запросов, разделив рабочую нагрузку на несколько этапов. Особенно, если выполнение может занять несколько часов:

-- Step 1
SELECT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 INTO #Step1 FROM
(
SELECT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 FROM MYTABLE WHERE XXX    
UNION  
SELECT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 FROM MYTABLE WHERE YYY
) d

-- Step 2:
SELECT DISTINCT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 FROM MYTABLE    
EXCEPT    
SELECT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3  FROM #Step1

Обратите внимание, что некоторые предложения DISTINCT удалены.

Обновление, версия 3. На основе последнего обновления OP:

Tab: это та же таблица. Первый запрос в основном дает почти всю таблицу, а второй + третий запрос - это подмножества, которые мне нужно убрать из результатов первого запроса.

Я считаю, что весь запрос можно переписать так:

SELECT DISTINCT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 FROM MYTABLE ext
WHERE NOT EXISTS (

SELECT * FROM (
    SELECT FIELD_1, FIELD_2, FIELD_3 FROM MYTABLE  
    WHERE  ( (XXX) OR (YYY))  -- original filter
)   list 
WHERE
    list.FIELD_1 = ext.FIELD_1
AND list.FIELD_2 = ext.FIELD_2
AND list.FIELD_3 = ext.FIELD_3
)