Я запускаю один и тот же R
файл (file.R
) в 12 папках одновременно (m1, m2,... m12
) с помощью суперкомпьютера. Файл имеет точно такое же имя и содержимое, разница лишь в том, что он содержится в разных папках. Ни в одной из папок нет файла .RData
. Все файлы вызывают один и тот же файл .RData
в другой папке. Аналогично для R packages
.
Файл работает гладко во всех папках, но в папке m2
, где вывод файла .Rout
:
Error in load(name, envir = .GlobalEnv) :
ReadItem: unknown type 0, perhaps written by later version of R
Calls: sys.load.image -> load
Execution halted
Файл начинается с:
##############################################################################
## ##
## - - - - - - ##
## ##
## S I M U L A T I O N S ##
##############################################################################
require(tidyverse)
require(dplyr)
require(scales)
require(pracma)
require(foreach)
require(doSNOW)
а файл .Rout
даже не печатает комментарии и пакеты. Он немедленно выходит с этим сообщением об ошибке. Я не понимаю, почему папка m2
такая исключительная. Любая идея об этой ошибке?
PS: извините, я знаю, что не привожу вам воспроизводимый пример, но я просто не могу его воспроизвести. Запуск bsub -n 2 -q long_int -Ip -W 48:00 -R "rusage[mem=20000]" -M 20000 -hl R CMD BATCH simulation_doParallel2.R
работает нормально.
.RData
(да, это полное имя) внутриm2
? Помогает ли добавление--vanilla
к опциям R? Будет ли работать, если вы переименуетеm2
во что-то другое? Будет ли это работать, если вы сделаете символическую ссылку (или даже скопируете, но я понимаю, что это противоречит цели) ваш.RData
в каждую папку? - person Zé Loff   schedule 30.07.2019m2
. Скрипт вызывает данные из другой папки. Вариант--vanilla
не пробовал. Да, это работает с другим именем. - person Andrew   schedule 30.07.2019sys.load.image
, который запускается до запуска чего-либо еще, и это предполагает, что внутриm2
есть что-то, что автоматически загружается во время последовательность запуска... Наиболее вероятным виновником может быть файл.RData
(обычно скрытый). - person Zé Loff   schedule 30.07.2019ls -a
(при условии, что ваш текущий рабочий каталог терминала былm2
) - person duckmayr   schedule 31.07.2019.RData
. Спасибо @Andrew. Я должен дать вам правильный ответ. - person Andrew   schedule 02.08.2019