Документация Doctrine 2 гласит, что:
Удаление ассоциации между двумя объектами также просто. Для этого есть две стратегии: по ключу и по элементу.
Что значит "по ключу"? Это поле id связанного объекта или просто позиция связанного объекта в коллекции? Например, здесь используется $ithComment (это позиция комментария):
// Remove by Key
$user->getComments()->remove($ithComment);
$comment->setAuthor(null);