как организованы данные в разных AppDomains и как я могу получить к ним доступ через домены

Вам потребуется создавать экземпляры прокси для каждого из целевых доменов и передавать их через границы домена приложения. Я бы создал шаблон контроллера, который управляет всеми модулями внутри каждого удаленного домена из текущего и передает прокси через границы домена, когда вам нужно манипулировать данными.

Ниже приведен пример управления объектом в нескольких доменах с помощью AppDomainToolkit.

namespace ConsoleApplication1
{
    using System;
    using System.Threading.Tasks;
    using AppDomainToolkit;
    using System.Collections.Generic;

    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            using (var context1 = AppDomainContext.Create())
            using (var context2 = AppDomainContext.Create())
            using (var context3 = AppDomainContext.Create())
            {
                var pizzaInContext1 = Remote<Pizza>.CreateProxy(context1.Domain, "Hawaiian");

                // manipulate object from current app domain
                pizzaInContext1.RemoteObject.AddTopping(new Topping("Cheese"));

                // manipulate object from context 2
                RemoteAction.Invoke(
                    context2.Domain,
                    pizzaInContext1.RemoteObject,
                    new Topping("Pineapple"),
                    (pizza, topping) =>
                    {
                        pizza.AddTopping(topping);
                    });

                // manipulate object, adding info from context 3
                RemoteAction.Invoke(
                    context3.Domain,
                    pizzaInContext1.RemoteObject,
                    (pizza) =>
                    {
                        pizza.AddTopping(new Topping("Ham"));
                    });

                Console.WriteLine(pizzaInContext1.RemoteObject.ToString());
            }

            Console.ReadKey();
        }
    }

    class Pizza : MarshalByRefObject
    {
        private readonly IList<Topping> toppings;

        public Pizza(string name)
        {
            this.Name = name;
            this.toppings = new List<Topping>();
        }

        public string Name { get; private set; }

        public void AddTopping(Topping topping)
        {
            this.toppings.Add(topping);
        }

        public override string ToString()
        {
            var pizza = this.Name + " with toppings: [";
            for (int i = 0; i < this.toppings.Count; i++)
            {
                pizza += this.toppings[i].Name;
                if (i < this.toppings.Count - 1)
                {
                    pizza += ",";
                }
            }
            pizza += "]";
            return pizza;
        }
    }

    [Serializable]
    class Topping
    {
        public Topping(string name)
        {
            this.Name = name;
        }

        public string Name { get; private set; }

        public override string ToString()
        {
            return this.Name;
        }
    }
}

Статические данные не используются доменами приложений! Каждый AppDomain будет иметь свой список модулей.