Выполнить внешнюю программу в php и вернуть ссылку на скачивание выходного файла

Вы захотите использовать функцию shell_exec() в PHP (http://php.net/manual/en/function.shell-exec.php), чтобы запустить исполняемый файл. Передайте параметры в командной строке, например:

<?php
$outputOfExecutable = shell_exec("C:\\path\\to\\cmd.exe /c C:\\batchfile.cmd");
?>

Все, что ваш исполняемый файл возвращает в конце его выполнения, возвращается в ваш PHP-скрипт. Это означает, что ваш исполняемый файл должен возвращать путь к файлу, который он сгенерировал, чтобы вы могли прочитать его с помощью PHP, или он мог бы вернуть содержимое файла, и вы записываете его на диск, как хотите.

Обратите внимание на библиотеку процессов Symfony. Его намного проще и безопаснее использовать, чем просто функции PHP, такие как shell_exec или proc_open. Symfony Process поддерживает эти функции и обеспечивает дополнительный уровень безопасности.