У меня та же проблема, что и при развертывании Приложение Visual Studio в недавно установленном эмуляторе, но когда я выбираю «Изменить платформу», нужная платформа отсутствует в списке. В нем перечислены только «Pocket PC 2003», «Windows CE 5.0», «Windows Mobile 5.0 Pocket PC SDK» и «Windows Mobile 6 Professional SDK» (выбрано в данный момент). «Windows Mobile 6.5.3 Professional DTK» не указан в списке, но 6.5.3 TDK определенно установлен в моей системе. Я проверил образы эмулятора в папке ~\Windows Mobile 6.5.3 DTK\PocketPC\Deviceemulation\0409 точно так же, как те, что были найдены для 6.0 SDK в ~\Windows Mobile 6 SDK\PocketPC\Deviceemulation\0409.
«Диспетчер эмуляторов устройств» знает о них, и из VS2005 я могу выбрать «Инструменты -> Подключиться к устройству» и подключиться к эмулятору 6.5.3. Но нет возможности выбрать их под проект/решение.
Может быть, отсутствует запись в реестре?