R: Изменение размера столбца имени строки тепловой карты.2

Я использовал следующий код:

library("gplots")
heatmap.2(assay(vsd)[ens_union,], trace = "none", density.info = "none")

Чтобы создать следующую тепловую карту:

heatmap.2: обрезание меток строк

Как видите, метки строк обрезаны (например, первая должна быть ENSMUSG00000000088, а отображается только ENSMUSG0). Как я могу изменить размер графика, чтобы включить целые метки?


r heatmap gplots
person Nick    schedule 16.02.2015    source источник
comment
Глядя на документацию ?gplots::heatmap.2, кажется, что вы можете напрямую передавать аргументы ?par. mai= c(b, l, t, r) управляет полями изображения   -  person Alex W    schedule 16.02.2015

Ответы (1)


arrow_upward
7
arrow_downward

Просто добавьте аргумент margins

library("gplots")

# generate some example data
data <- as.matrix(mtcars)

# make ridiculously long names
long.names     <- paste("ENSMUSG000000000", rownames(mtcars))
rownames(data) <- long.names

# GO!
heatmap.2(data, trace = "none", density.info = "none", 
          margins = c(8, 16))

Не забывайте, что вы также можете изменить размер шрифта, если хотите, с помощью cexRow

person Mehdi Nellen    schedule 16.02.2015