Нет объекта, доступного для ошибки внедрения при использовании bindFactory

Единственный способ, которым я смог воспроизвести проблему (с вашей неполной информацией, то есть отсутствующей точкой впрыска), состоял в том, чтобы попытаться ввести OracleRepository вместо Repository. У меня нет точной причины, по которой инъекция не удалась, но я думаю, это потому, что вы привязываете Repository, а не OracleRepository. Если это проблема, самым простым решением будет привязать фабрику к OracleRepository или вместо этого просто ввести Repository.

Для внедрения Repository, если вы хотите квалифицировать различные реализации, вы можете сделать это, связав named или qaulifiedBy с привязкой, как в приведенном ниже примере (где я использовал named и аннотировал точку внедрения с помощью @Named).

В примере я использовал Jersey Test Framework.

<dependency>
    <groupId>org.glassfish.jersey.test-framework.providers</groupId>
    <artifactId>jersey-test-framework-provider-inmemory</artifactId>
    <version>${jersey2.version}</version>
    <scope>test</scope>
</dependency>

Вот полный тест. Вы можете изменить @Named между "Sql" и "Oracle", чтобы увидеть разницу.

import javax.inject.Inject;
import javax.inject.Named;
import javax.ws.rs.GET;
import javax.ws.rs.Path;
import javax.ws.rs.core.Application;
import javax.ws.rs.core.Response;
import org.glassfish.hk2.api.Factory;
import org.glassfish.hk2.utilities.binding.AbstractBinder;
import org.glassfish.jersey.server.ResourceConfig;
import org.glassfish.jersey.test.JerseyTest;
import org.junit.Assert;
import org.junit.Test;

public class InjectionTest extends JerseyTest {

    @Path("test")
    public static class SimpleResource {

        @Inject
        @Named("Oracle")
        private Repository repo;

        @GET
        public String getRepoName() {
            return repo.getClass().getSimpleName();
        }
    }

    @Override
    public Application configure() {
        ResourceConfig config = new ResourceConfig();
        config.register(SimpleResource.class);
        config.register(new AbstractBinder(){
            @Override
            protected void configure() {
                bindFactory(SqlFactory.class)
                        .to(Repository.class).named("Sql");
                bindFactory(OracleFactory.class)
                        .to(Repository.class).named("Oracle");
            }
        });
        return config;       
    }


    public static interface Repository {}

    public static class OracleRepository implements Repository {}

    public static class SqlRepository implements Repository {}

    public static class SqlFactory implements Factory<Repository> {

        @Override
        public Repository provide() {
            return new SqlRepository();
        }

        @Override
        public void dispose(Repository t) {}
    }

    public static class OracleFactory implements Factory<Repository> {

        @Override
        public Repository provide() {
            return new OracleRepository();
        }

        @Override
        public void dispose(Repository t) {}
    }

    /**
     * Change the `Assert` from "OracleRepository" to "SqlRepository"
     * when switching the `@Named` on the injection point.
     */
    @Test
    public void testInjectOk() {
        Response response = target("test").request().get();
        String respString = response.readEntity(String.class);
        Assert.assertEquals("OracleRepository", respString);
        System.out.println(respString);
    }
}

Если у вас все еще есть проблема, опубликуйте полный тестовый пример для одного класса, как показано выше, который демонстрирует проблему.