Создание тепловой карты на основе данных о смертности?

Это хоть как-то полезно? Я основал его на том, как выглядят ваши данные, и сгенерировал некоторые данные для сопоставления. Затем я начал с графика с «годом» по оси x и «возрастом» по оси y и квадратом (geom_tile) для каждой точки. Эти квадраты окрашены в соответствии с «общим количеством». В нем нет многоугольников, как в приведенном вами примере, но я думаю, что с вашими реальными данными он позволит вам искать эффекты когорты.

#generate some data ranging from 0 to 0.1
set.seed(1000)
France <- expand.grid(Year=1961:2000,Age=20:98)
France$Female <- runif(nrow(France),0,0.05)
France$Male <- runif(nrow(France),0,0.05)
France$Total <- France$Male + France$Female


library(ggplot2)

p1 <- ggplot(France, aes(x=Year,y=Age,fill=Total)) + 
  geom_tile()+ 
  scale_fill_gradientn(colours=rainbow(10))
p1

Из исходного кода:

z <- seq(min.raw, max.raw, by=min(diff(breaks)/4))

Код heatmap.2 внутренне вызывает функцию seq и выдает ошибку, с которой вы столкнулись:

Error in seq.default(min.raw, max.raw, by = min(diff(breaks)/4)) : 
    invalid (to - from)/by in seq(.)

Но что такое min.raw и max.raw? Прокрутите немного вверх (строка 640), и вы увидите, что это min и max переданного вами breaks arg (который в данном случае равен -1 и 1 соответственно). Параметр by во внутренней функции seq принимает значение 0:

min(diff(breaks)/4)

Фактически, вы можете воспроизвести эту ошибку, если попытаетесь построить seq функцию со следующими параметрами:

> seq(-1, 1, by=0)
Error in seq.default(-1, 1, by = 0) : invalid (to - from)/by in seq(.)

Здесь есть два следствия: во-первых, вы обнаружили угловой случай, который нарушает этот код, и это ошибка, о которой, вероятно, следует сообщить в репозиторий github (т. е. если это значение равно 0, используйте некоторый предопределенный параметр by). Во-вторых, вы можете использовать единый параметр break или просто не определять его. В конце концов, это необязательный параметр. Из документации:

breaks
(optional) Either a numeric vector indicating the splitting points for binning x
into colors, or a integer number of break points to be used, in which case the break
points will be spaced equally between min(x) and max(x).

Если оставить breaks пустым или указать одно значение, вы не должны столкнуться с этой проблемой.