растр в R: создание пикселей в целевой окрестности

В моем примере:

#Packages
library(spatstat)
library(raster)

#Selection of ants data set
data(ants)
geo.form<-cbind(x=ants$x,y=ants$y)

#Definition of raster resolution - 10 units
ants.w<-as.owin(ants)
ext <- as(extent(c(ants.w$xrange,ants.w$yrange)), "SpatialPolygons")
ants.res<-rasterToPoints(raster(ext, resolution = 10), spatial = TRUE)
coordinates(ants.res) <- ~ x + y
# coerce to SpatialPixelsDataFrame
gridded(ants.res) <- TRUE

#Rasterize
antscount<- rasterize(geo.form, raster(ants.res), fun='count', background=0)
values(antscount)[values(antscount) > 0] = 1

#Vizualize
plot(antscount)

ex1

Теперь я хотел бы найти способ создать 1 (всего 9 пикселей) и 2 пикселя (всего 25 пикселей), окружающих соседство каждого пикселя (муравья) в изображении графика. Мне нужно, чтобы этот новый пиксель создания тоже имел значение 1.

Выбор соседних пикселей звучит просто, примерно так:

# For 1 pixel neighborhood
neigh1 <- matrix(1L, nrow=3, ncol=3); neigh1[2,2] <- 0L
ants1<-which(values(antscount)> 0)
cells<- xyFromCell(antscount, ants1)
e1<-adjacent(antscount, cells, directions=neigh1, pairs=FALSE)
ng_coords1 <- xyFromCell(antscount, e1)

# For 2 pixel neighborhood
neigh2 <- matrix(1L, nrow=5, ncol=5); neigh1[3,3] <- 0L
e2<-adjacent(antscount, cells , directions=neigh2, pairs=FALSE)
ng_coords5 <- xyFromCell(antscount, e2)

Проблема в том, что мои координаты ng_coords1 / ng_coords5 неверны и находятся только в верхней части растра antscount, несмотря на условие xyFromCell (antscount, ants1). Моя цель - новый растр присутствия муравьев с 8 и 24 пикселями, окружающий окрестности каждого пикселя (муравья) в исходном растре antscount. Пожалуйста, какие-нибудь идеи?


r raster r-raster
person Leprechault    schedule 07.11.2020    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

Лучше всего это делать с focal

Пример данных (обратите внимание на более простой код)

library(spatstat)
library(raster)
data(ants)
geo.form <- cbind(x=ants$x, y=ants$y)
ants.w <- as.owin(ants)
ext <- extent(c(ants.w$xrange, ants.w$yrange))
r <- raster(ext, resolution=10)
antscount<- rasterize(geo.form, r, field=1, background=0)

Решение

# direct neighbors
x <- focal(antscount, w=matrix(1, ncol=3, nrow=3), fun=max, pad=TRUE, padValue=0)
# 2 cell neighborhood    
y <- focal(antscount, w=matrix(1, ncol=5, nrow=5), fun=max, pad=TRUE, padValue=0)
person Robert Hijmans    schedule 10.11.2020

arrow_upward
0
arrow_downward 

#Packages
library(spatstat)
library(raster)

#Selection of ants data set
data(ants)
geo.form<-cbind(x=ants$x,y=ants$y)

#Definition of raster resolution - 10 units
ants.w<-as.owin(ants)
ext <- as(extent(c(ants.w$xrange,ants.w$yrange)), "SpatialPolygons")
ants.res<-rasterToPoints(raster(ext, resolution = 10), spatial = TRUE)
# coerce to SpatialPixelsDataFrame
gridded(ants.res) <- TRUE

#Rasterize
antscount<- rasterize(geo.form, raster(ants.res), fun='count', background=0)
values(antscount)[values(antscount) > 0] = 1

#Vizualize
plot(antscount)

# For 1 pixel neighborhood
neigh1 <- matrix(1L, nrow=3, ncol=3); neigh1[2,2] <- 0L
ants1<-which(values(antscount)> 0)
cells <- unique(cellFromXY(antscount, geo.form))
e1<-adjacent(antscount, cells, directions=neigh1, pairs=FALSE)
ng_coords1 <- xyFromCell(antscount, e1)
points(ng_coords1, col="red")

ex2

#Rasterize for 1 pixel neighborhood
ng_coords2<-rbind(ng_coords1,geo.form)
antscount.9<- rasterize(ng_coords2, raster(ants.res), fun='count', background=0)
values(antscount.9)[values(antscount.9) > 0] = 1
plot(antscount.9)

ex3

person Leprechault    schedule 10.11.2020