Моя система — Mac OS X v10.8.2. У меня есть несколько несжатых 16-битных изображений TIFF 2560x500 (оттенки серого, 16-битные целые числа без знака). Сначала я пытаюсь загрузить их с помощью PIL (устанавливается через Homebrew, версия 1.7.8):
from PIL import Image
import numpy as np
filename = 'Rocks_2ptCal_750KHz_20ms_1ma_120KV_2013-03-06_20-02-12.tif'
img = Image.open(filename)
# >>> img
# <PIL.TiffImagePlugin.TiffImageFile image mode=I;16B size=2560x500 at 0x10A383C68>
img.show()
# almost all pixels displayed as white. Not correct.
# MatLab, EZ-draw, even Mac Preview show correct images in grayscale.
imgdata = list(img.getdata())
# most values negative:
# >>> imgdata[0:10]
# [-26588, -24079, -27822, -26045, -27245, -25368, -26139, -28454, -30675, -28455]
imgarray = np.asarray(imgdata, dtype=np.uint16)
# values now correct
# >>> imgarray
# array([38948, 41457, 37714, ..., 61922, 59565, 60035], dtype=uint16)
Отрицательные значения отличаются на 65 536... вероятно, это не совпадение.
Если я сделаю вид, что изменяю пиксели и вернусь обратно к изображению TIFF через PIL (просто вернув массив в виде изображения):
newimg = Image.fromarray(imgarray)
Я получаю ошибки:
File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/PIL/Image.py", line 1884, in fromarray
raise TypeError("Cannot handle this data type")
TypeError: Cannot handle this data type
Я не могу найти Image.fromarray()
в документации PIL. Я пробовал загружать через Image.fromstring()
, но я не понимаю документацию PIL, и примеров мало.
Как показано в приведенном выше коде, PIL «обнаруживает» данные как I;16B
. Из того, что я могу сказать из документов PIL, режим I
:
*I* (32-bit signed integer pixels)
Очевидно, что это неправильно.
Я нахожу много сообщений на SX, предполагающих, что PIL не поддерживает 16-битные изображения. Я нашел предложения по использованию pylibtiff, но я полагаю, что это только для Windows?
Я ищу «легкий» способ работы с этими изображениями TIFF в Python. Я удивлен, что это так сложно, и это заставляет меня поверить, что проблема будет очевидна для других.