Публикации по теме 'biopython'
БиоПитон
Ждать…
Это язык программирования, библиотека или пакет? Да, путаница возникает, когда мы читаем термин BioPython. Что такое BioPython?
-Это библиотека, которую мы можем использовать для анализа биоинформационных данных!
Давайте возьмем несколько кодов в BioPython.
#Importing Bio Python
import numpy as np # linear algebra
import pandas as pd # data processing
import Bio
print("Biopython v" + Bio.__version__)
Где мы используем BioPython? Да вы правильно поняли! В основном он..
Базы данных биоинформатики-Biopython
Доступ к базам данных биоинформатики с помощью Biopython
Одной из самых распространенных вещей, которые вам нужно делать в биоинформатике, является извлечение информации из биологических баз данных. Доступ к этим базам данных вручную может быть довольно утомительным, особенно если у вас много повторяющейся работы.
Biopython пытается сэкономить ваше время и энергию, делая некоторые онлайн-базы данных доступными из скриптов Python.
В настоящее время в Biopython есть код для..
Вопросы по теме 'biopython'
Преобразование вложенного словаря/xml в плоский файл для sqlite
Я порылся в сети и не нашел подходящего примера, поэтому решил спросить... (Кстати, многое из этого для меня ново - не все, а большинство.)
Проблема: попытка преобразовать вложенный словарь bio/python (или xml) опубликованных данных цитирования в...
537 просмотров
schedule
02.10.2022
Разделить большой файл fasta на несколько файлов, не могу назвать их номером GI
Я должен начать с того, что я новичок в Python и Biopython. Я пытаюсь разбить большой файл .fasta (с несколькими записями) на отдельные файлы, каждый с одной записью. Я нашел большую часть следующего кода на сайте Biopython wiki/Cookbook и немного...
851 просмотров
schedule
16.11.2022
Скрипт перевода Biopython не работает?
Я новичок в Biopython и просто хочу перевести файл ДНК Fasta и записать результат в новый файл. Я думал, что это будет легко, но не могу заставить скрипт работать. Вот моя попытка:
#!/usr/bin/env python
import sys
from Bio.Seq import Seq
from...
345 просмотров
schedule
24.03.2024
Как я могу загрузить несколько последовательностей в BLAST с помощью Biopython?
Я пытаюсь выполнить поиск BLASTN для нескольких последовательностей из одного файла FASTA. Я могу легко запросить одну последовательность из файла, но не могу запросить все последовательности в одном файле. Поскольку это относительно короткие...
2348 просмотров
schedule
28.02.2024
Как мне перемещаться по результатам выборки Biopython Entrez?
Когда я запускаю следующее;
from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio import Entrez, SeqIO
Entrez.email = "[email protected]"
handle = Entrez.efetch(db="Protein", id= "75192198", rettype = "xml")
record = Entrez.read(handle)
Я получаю...
347 просмотров
schedule
09.12.2023
Как извлечь все цепочки из файла PDB?
Я следую этой странице Как извлечь цепочки из файла PDB? но я не могу найти полное решение того, что я хочу. Вот мой вопрос:
без указания конкретного идентификатора цепочки, я хочу извлечь все идентификаторы цепочек в pdb и записать эти...
2630 просмотров
schedule
21.04.2024
Вывод из BlastP с использованием NCBIWWW не такой, как я ожидал
Я пытаюсь получить результаты blastP для определенного белка, используя NCBIWWW. Проблема в том, что обратно отправляется не то, что я распознаю как данные выравнивания, а то, что я получаю (это содержимое 'Blast_record' в исходном коде); Я...
773 просмотров
schedule
31.08.2022
Может ли Biopython выполнять Seq.find() с учетом кодов неоднозначности
Я хочу иметь возможность искать объект Seq для объекта Seq подпоследовательности с учетом кодов неоднозначности. Например, должно быть верно следующее:
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet.IUPAC import IUPACAmbiguousDNA
amb =...
1026 просмотров
schedule
07.11.2023
Можно ли передать строковую переменную в поиск BLAST вместо файла?
Я пишу скрипт на Python и хочу передать информацию о последовательности запроса в blastn как строковую переменную, а не файл формата FASTA, если это возможно.
Я использовал SeqIO от Biopython для хранения нескольких имен расшифровок в качестве...
1077 просмотров
schedule
26.09.2022
Оцените алфавит в Biopython из файла fasta
Я ищу способ прочитать файл .fasta в Biopython и получить оценку пакета, если мы имеем дело с ДНК, РНК или белками. До сих пор я читал такие данные:
with open('file.fasta', 'r') as f:
for seq in sio.parse(f, 'fasta'):
# do stuff,...
281 просмотров
schedule
16.11.2023
Как установить и работать с кодами github для анализа данных секвенирования следующего поколения?
Из файла VIP README.md :
Монтаж
Шаги по установке VIP на машине следующие:
> git clone https://github.com/keylabivdc/VIP
> cd VIP
> cd installer
> chmod 755 *
> sudo sh dependency_installer.sh
> sudo sh...
35 просмотров
schedule
23.10.2022
Включение исполняемого файла C++ при заморозке скрипта Python с помощью PyInstaller
Я пытался прочитать документацию PyInstaller и использовать файлы спецификаций, а также Google/SO, но не нашел четких ответов.
Я написал скрипт Python с помощью Biopython и превратил его в исполняемый файл с помощью PyInstaller, и он отлично...
314 просмотров
schedule
02.09.2022
Печать частоты последовательностей в файле fasta (python)
Я пытаюсь найти разнообразие популяции последовательностей из большого файла fasta. Конечная цель - построить гистограмму распределения.
Я написал приведенный ниже код, чтобы подсчитать, сколько раз каждая последовательность встречается в файле...
270 просмотров
schedule
04.03.2024