Я использую GenomicRanges, чтобы найти, какие расшифровки одного эксперимента перекрываются с расшифровками другого. head(to_ranges1) knowngene chr strand Start Gene 1 uc001aaa.3 chr1 + 9873 16409 DDX11L1 2 uc001aac.4 chr1 -...

У меня есть файлы последовательности ДНК, и многие последовательности начинаются так: «CCCATGCAGACATAGTG» или «CTCCATGCAGACATAGTG», и у меня есть последовательность тегов «ATGCA». Я хочу удалить все «ATGCA», а также «CC» и «CTC». Таким образом,...

У меня проблема с функцией read.fasta пакета "seqinr". Когда я использую его с ноутбуком, он не создает желаемого вектора. Кроме того, когда я использую функцию count для вектора, созданного вручную, результаты представляют собой таблицу нулей....

Я хочу создать следующий ExpressionSet в R: dataDirectory <- system.file("extdata", package = "Biobase") exprsFile <- "path to expression data.txt" exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1, as.is =...

У меня есть два набора данных: один как объект GRanges, созданный GRangesList с несколькими подмножествами (grl), а другой (Test). Я хотел бы перебрать все подмножества grl и использовать функцию findOverlaps в библиотеке "GenomicRanges", чтобы...

Я хочу определить положение и изменение аминокислот в конкретной интересующей области в своих последовательностях и сохранить эту информацию в таблице. Можно ли сделать что-то подобное в R, возможно, с помощью пакета bioconductor? Мне удалось...

Мне нужно установить Биопроводник. Я пытаюсь получить это в одной из двух систем; У меня кризис в реальном времени, и все обходные пути потерпели неудачу. Система 1: сервер Centos 7, R v3.4.2 (не удается получить R v3.5.0, поскольку на сервере...

У меня есть два объекта Granges, и я хотел бы, чтобы они были объединены, чтобы объединить оба Granges, даже если метаданные не существуют в обоих объектах. > t GRanges object with 2 ranges and 5 metadata columns: seqnames ranges...

Я хочу получить координаты генов человека из своего списка (состоящего из идентификаторов генов hgnc) с помощью пакетов GenomicFeatures и TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene R от Bioconductor. library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)...

Я хочу сериализовать JSON expressionSet . Я пробовал следующее: # create expression set based on the link above library("Biobase") ExpressionSet() ExpressionSet(assayData=matrix(runif(1000), nrow=100, ncol=10)) # update an existing...

Мне нравится пакет EnhancedVolcano . Мои данные - это RNAseq, и я анализирую их с помощью DESeq2. Я хочу изобразить результаты в виде вулканического графика, на котором я выделяю список генов по моему выбору selected_genes . Мне удалось изменить...